使用目的不同：生物安全實驗室是為了保護操作者和實驗室外的人員不受感染。生物安全控制。普通潔凈實驗室是為了保護產(chǎn)品不受污染。室內(nèi)環(huán)境控制。 

實現(xiàn)方法不同：生物安全實驗室相對大氣為負壓，對室內(nèi)壓力及相鄰房間的壓力梯度嚴格控制，控制室內(nèi)氣流流向。采用全新風(fēng)送風(fēng)，排風(fēng)及送風(fēng)均采用雙風(fēng)機系統(tǒng)，一用一備，自動投入運行。排風(fēng)系統(tǒng)要加HAPE過濾器。自控要求較高。普通潔凈實驗室相對大氣為正壓且壓力差值較小，對室內(nèi)壓力及相鄰房間的壓力梯度控制要求較低。一般采用新風(fēng)+回風(fēng)的送風(fēng)系統(tǒng)，送風(fēng)及排風(fēng)系統(tǒng)均不用風(fēng)機。排風(fēng)系統(tǒng)不加HAPE過濾器。自控要求相對較低。 

運行模式不同：生物安全實驗室的運行模式一般有正常運行模式、值班運行模式、消毒運行模式；根據(jù)實驗室使用方式及消毒方法的不同，對室內(nèi)的條件控制及風(fēng)量控制有所不同。一般潔凈實驗室的運行模式一般僅有正常運行模式，要求條件高的項目才會有值班運行模式，一般不會考慮消毒運行模式。